内蒙古集通铁路公司于1995年7月16日正式挂牌成立，最初由自治区政府和铁道部按照“联合经营、统一运输、独立核算”的原则共同经营。2005年5月，改为由铁道部、内蒙古自治区国资委、北方联合电力、中铁六局呼建公司、中铁十三局电务公司联合控股。公司设立股东会、董事会和监事会，遵循经营层和决策层分离的原则，实行董事会领导下的总经理负责制。公司设16个职能处室，10个生产段。现有员工9579人，公司运营以来主要负责管内集通铁路的运营管理，后来又陆续建设开通了桑锡、桑蓝铁路，还有在建的蓝多铁路。公司的铁路运营总里程长达1216公里（集通线总长945公里，锡多线全长271公里）。2007年，公司充分发挥沿线的资源优势和地理优势，结合当前经营发展的新形势。对现有资源进行整合，构建了以内蒙古集通铁路神通煤炭有限责任公司、内蒙古锡多铁路股份有限公司、内蒙古集通铁路多元投资有限公司、内蒙古集通建筑工程有限责任公司、内蒙古集通铁路通信有限责任公司为支柱的五大公司，五大公司的经营范围涵盖了铁路运营管理、煤炭与矿产资源开发营销、工程建设、通信服务、旅游业等诸多领域。集通公司的发展战略是以铁路运输为依托，使公司向集团化方向发展，这一框架的构建，标志着集通公司发展新时代的到来。